Bereits 2006 hatten die Mitglieder des „Bayerischen Bündnisses für Toleranz – Demokratie und Menschenwürde schützen“ die Idee eine zentrale Anlaufstelle einzurichten, um menschenfeindlichen und demokratiegefährdenden Tendenzen in unserer Gesellschaft etwas entgegenzusetzen. Diese Stelle sollte bayernweite Aktivitäten von zivilgesellschaftlichen Akteuren bündeln, ihnen beratend zur Seite stehen und ein Netzwerk gegen Rechtsextremismus entwickeln.
Die Projektstelle gegen Rechtsextremismus wurde am 9. Februar 2007 am Evangelischen Tagungs- und Bildungszentrum Bad Alexandersbad eingerichtet. Der Standort wurde aufgrund der vorhandenen Infrastruktur im EBZ Bad Alexandersbad und wegen seiner Nähe zur Stadt Wunsiedel ausgewählt, in der alljährlich rechtsextreme Aufmärsche stattfanden, um Flagge zu zeigen für Toleranz, Demokratie und für Menschenwürde.
Die Finanzierung der Stelle war zunächst auf drei Jahre begrenzt, ab 2010 wurde die Stelle aber aufgrund der wichtigen und hervorragenden Arbeit, die sie leistet, verstetigt. Mit der Projektstelle engagiert sich das Bündnis weiterhin aktiv in der Prävention von menschenfeindlichem Gedankengut.